에이프로젠바이오로직스(003060) 심층 투자 분석 보고서

에이프로젠바이오로직스(003060) 심층 투자 분석 보고서

기업 개요

에이프로젠바이오로직스(003060)는 모기업인 (주)에이프로젠(007460)의 바이오의약품 위탁개발생산(CDMO) 자회사로, 항체의약품 생산을 전문으로 하는 기업이다. 충북 오송에 위치한 오송공장은 동물세포를 이용한 항체 원료의약품 생산시설을 갖추고 있으며, 연간 수천억 원대의 생산능력을 확보하고 있다. 이 회사는 2024년 말 기준 KOSPI에 상장되어 있으며, 국내외 바이오 기업을 대상으로 의약품 개발·생산 서비스를 제공한다.

사업 구조 및 수익 구조

에이프로젠바이오로직스의 주요 사업은 바이오의약품 위탁생산(CDMO)과 자체 파이프라인 개발이다. 사업 구조상 매출은 대부분 완제의약품 및 항체 원료의약품의 위탁생산 계약에서 발생하며, 에이프로젠과의 공급계약도 중요한 비중을 차지한다. 2024 회계연도 연결기준 매출은 674억원으로 전년(874억원) 대비 23% 감소하였으며, 순손실은 1050억원으로 적자폭을 줄였다. 매출원가도 전년 990억원에서 750억원으로 축소되었으나, 여전히 매출을 상회하는 수준이다(2023년 결산 기준). 이에 따라 2024년 영업적자는 약 528억원으로 추정되며, 순이익률도 마이너스를 기록했다. 최근 1분기(2025년 1Q) 매출은 168억원(+8.0%)에 그쳤고 영업손실 157억원으로 적자 기조가 지속되고 있다. 전반적으로 수익성은 매우 낮으며, 다수의 유상증자·감자를 통한 자본 확충이 진행 중이다.

주요 파이프라인

에이프로젠바이오로직스는 모기업 에이프로젠에서 개발한 바이오시밀러 파이프라인을 생산하며, 주요 파이프라인으로는 GS071(렘시마 바이오시밀러), AP056(리툭산 바이오시밀러), AP063(허셉틴 바이오시밀러), AP096(휴미라 바이오시밀러) 등이 있다. GS071은 2017년 일본 후생노동성 승인을 받았으나, 파트너사인 니찌이코제약의 경영 악화로 실제 판매는 저조한 것으로 알려졌다. AP056은 현재 비임상을 완료하고 글로벌 임상 1상과 3상 계획을 준비 중이며, AP063은 글로벌 임상 1상을 마치고 유럽 EMA에서 임상 3상 시험계획(CTA) 승인을 획득하여 진행 중이다. AP096(휴미라 바이오시밀러)은 아직 개발 초기 단계로, 상용화까지는 상당한 시간이 필요한 상황이다.

시장 측면에서는 해당 오리지널 제품들이 모두 연매출 수조원대의 대형 블록버스터였다. 그러나 국내에서는 삼성바이오에피스와 셀트리온 등 경쟁사의 바이오시밀러가 이미 Remicade, Humira, Herceptin 시장을 선점하고 있다. 예를 들어, 국내 허가 현황만 보더라도 레미케이드·휴미라 바이오시밀러는 삼성바이오에피스·셀트리온이, 허셉틴 바이오시밀러는 삼성바이오에피스·셀트리온·대웅제약·삼오제약까지 허가를 받았다. 따라서 에이프로젠바이오로직스의 파이프라인도 개발 완료 시기가 지연될수록 과당경쟁에 따른 수익성 저하 리스크가 큰 상황이다.

기술적 강점

에이프로젠바이오로직스는 초고생산성 세포주 개발과 대용량 퍼퓨전(Perfusion) 배양 등 차별화된 생산기술을 보유하고 있다. 오송공장에는 2,000L급 퍼퓨전 생물반응기 4기가 설치되어 있어, 단일 배치에서 전통적 폭기배양(배치)에 비해 최대 15배 많은 항체 단백질을 생산할 수 있다. 실제로 4기 가동 시 연간 280만 리터 이상의 배양액을 통해 3,000kg 이상의 항체를 생산할 수 있어, 세계 최대 규모의 항체 퍼퓨전 생산능력을 자랑한다. 이처럼 Perfusion 연속배양 방식은 생산원가 절감과 높은 생산량 확보 측면에서 경쟁사들이 모방하기 어려운 기술적 우위로 평가된다.

또한 최첨단 완제의약품 생산시설도 강점이다. 충전·충진 설비로 독일 Bosch와 Optima의 바이알·프리필드 시린지 자동 충전기를 갖추었으며, 동결건조기는 이탈리아 IMA사의 2라인을 확보하고 있다. 연간 기준으로 바이알 8,000만 병, 시린지 6,000만 개 등을 생산할 수 있는 수준으로, 글로벌 수준의 완제 제조 인프라를 구축하여 고부가가치 의약품 생산에 대응하고 있다. 이러한 기술력은 향후 고부가가치 항체신약과 백신 CDMO 시장에서 경쟁력을 발휘할 것으로 기대된다.

시장 현황 및 전망

세계 바이오의약품 CDMO 시장은 급속히 성장 중이다. 대한무역투자진흥공사(KOTRA)에 따르면 2024년 전 세계 바이오의약품 CDMO 시장 규모는 약 218억 달러(약 32.1조원)였고, 2025년에는 248억 달러(36.5조원)까지 확대될 것으로 전망된다. 시장 조사기관도 2024년 글로벌 CDMO 시장을 약 219억 달러로 추산하며, 2034년까지 연평균 15.5% 성장률로 923.7억 달러 규모에 달할 것으로 예측했다. 이러한 성장에는 고령화에 따른 만성질환 증가, 신약개발 확대, 신흥 시장 수요 등 거시적 요인이 기여하고 있다.

특히, 항체의약품 등 바이오시밀러 수요가 빠르게 늘어나면서, CDMO 분야 경쟁도 가속화되고 있다. 삼성바이오로직스는 2024년 매출 4조5473억원으로 사상 최대 실적을 기록하며 국내 CMO 시장을 주도하고 있으며, 셀트리온도 2024년 매출 3조5573억원으로 꾸준히 성장하고 있다. 전 세계적으로는 미국·유럽 등 선진국의 의약품 생산 분산 전략(바이오 섹어리티 법안 등)에 힘입어 한국 기업들에게 추가 수주 기회도 나타나고 있다. 반면, 개발도상국의 저비용 생산기지화와 각국의 규제 움직임 등은 리스크로 작용할 수 있다. 종합하면, 세계 CDMO 시장은 향후 수년간 두 자릿수 성장세가 예상되며, 에이프로젠바이오로직스도 이 성장 시장에서 기술력과 시설을 바탕으로 기회를 모색하고 있다.

주요 경쟁사 비교

• 삼성바이오로직스 (KRX: 207940): 2024년 연결기준 매출 4조5473억원, 영업이익 1조3201억원을 기록하며 국내 바이오업계 최대 규모를 유지했다. 전 세계 CDMO 시장에서 약 10% 내외의 점유율을 확보하고 있으며, 다수의 글로벌 제약사와 장기 수주 계약을 체결 중이다. 생산능력도 150,000L급 4공장 외에 5공장을 추진 중이며, 최첨단 공정기술(예: mRNA 백신 등) 개발에 집중하고 있다. 높은 설비효율과 안정적 재무구조가 경쟁력으로 평가된다.
• 셀트리온 (KRX: 068270): 2024년 매출 3조5573억원, 영업이익 4920억원을 달성했다. 대표 제품(램시마, 트룩시마, 허쥬마 등)의 안정적 매출 성장과 더불어 2025년 연매출 5조원 목표를 제시할 정도로 사업 확장을 이어가고 있다. 최근에는 바이오시밀러뿐만 아니라 항체신약(ADC 등) 개발에도 진출하면서 자체 파이프라인을 강화 중이다. 2024년부터 CMO 사업 진출을 선언하며 국내에 2~3조원 규모의 대형 생산시설을 건설할 계획이 공개되기도 했다.
• Lonza (스위스): 2024년 매출 약 CHF 66억(한화 약 9.5조원)으로 전통적 1위 CMO 기업이다. 전 세계에 걸쳐 36% 이상의 시장점유율을 보유하며, 의약품 전주기에 걸친 통합 서비스를 제공한다. 의약품 개발·생산 역량이 매우 높아 글로벌 제약사들의 핵심 파트너로 자리잡고 있다.
• 에이프로젠바이오로직스 (003060): 2024년 매출 674억원으로 위의 기업들에 비해 규모는 훨씬 작다. 그러나 Perfusion 공법과 고밀도 세포배양 기술은 삼성/셀트리온이 갖추지 못한 강점이다. 생산능력은 2024년 기준 약 27만 리터 수준으로 보고되는데, 이는 Celltrion(620kL), Samsung(250kL)과 비교하면 작지만 연속배양 특성 상 효율은 높다. 또한 우수의약품제조및품질관리기준(GMP) 인증을 모두 획득한 만큼 시설 신뢰성도 우수하다. 전반적으로 에이프로젠바이오로직스는 대형 경쟁사에 비해 수익성은 열세이지만, 고유의 생산기술로 틈새시장을 노릴 수 있는 위치이다.

재무분석

최근 실적을 살펴보면, 에이프로젠바이오로직스는 지속적인 적자를 기록 중이다. 2023년 매출은 874억원, 영업적자는 약 -575억원으로 영업손실률이 60%를 상회했다(연결 기준). 2024년 매출은 674억원으로 23% 감소했으며, 순손실 규모는 1050억원으로 적자폭이 다소 줄었다. 영업이익률은 여전히 큰 폭의 마이너스(-90%대)이며, ROE도 심각한 적자 수준이다. 2025년 1분기 매출 168억원(+8.0%), 영업손실 -157억원으로 회복 조짐 없이 적자가 지속되고 있어, 수익성 개선이 시급하다. 자본구조 측면에서는 2023~2024년 시행된 주식병합(1:10)과 대규모 유상증자 결과 부채비율은 낮아졌으나, 자금조달을 위한 주식수 확대는 주당 손실 악화라는 부정적 신호로 작용했다.

실적 전망 (IR/가이던스)

현재까지 공식적인 실적 가이던스는 발표되지 않았지만, 회사 측은 수주 확대와 원가절감을 통한 손익분기점(BEP) 달성을 강조하고 있다. 2024년 말 기준 IR 자료에 따르면, 신규 플랫폼 생산 수주를 확보하고 있으며, 미국 생물안전법(Biosecurity Act) 통과로 미국 내 생산 수요가 급증할 경우 추가 수주 가능성이 기대된다고 밝혔다. 그러나 아직까지 구체적인 매출 목표나 손익 예측은 공개된 바 없어, 실적 전망은 주로 외부 시장 상황과 신규 계약 성사 여부에 달려 있다. 최근 글로벌 CDMO 시장의 성장세는 긍정적이나, 파이프라인 상용화 시점이 계속 지연될 경우 실적 반등은 불투명하다.

SWOT 분석

• 강점 (Strengths): 독보적인 퍼퓨전 생산기술과 우수한 생산 인프라를 보유하고 있다. 이를 통해 원가 경쟁력과 고부가가치 의약품 대량생산이 가능하다. 국내 유수 기업들의 엔드투엔드 CDMO 역량이 부각되는 상황에서, 에이프로젠바이오로직스만의 생산방식은 차별화된 경쟁력으로 평가된다. 또한, 미국 바이오 섹어리티 법안에 대비해 미국 고객사의 관심도 증가 추세로, 수출 기회가 확대될 가능성이 있다.
• 약점 (Weaknesses): 파이프라인 개발이 늦어지면서 수익 발생 시점도 지연되고 있다. 현재까지 허가가 난 자체 제품이 없어 매출 대부분을 수탁생산에 의존하고 있으며, 높은 고정비(감가상각 등)에 비해 매출 규모는 매우 작다. 2024년까지 누적된 적자로 재무구조도 열악하여 추가 자금조달 부담이 크다. 인력·기술 역량 측면에서도 삼성/셀트리온 등 대형사 대비 개발노하우가 부족하다는 평가가 있다.
• 기회 (Opportunities): 글로벌 바이오의약품 CDMO 시장은 연평균 10% 이상의 고성장이 예상된다. 특히 고가 항체의약품 수요 증가와 제네릭·바이오시밀러 시장 확대로 주문량 증가가 기대된다. 에이프로젠바이오로직스는 Perfusion 방식으로 저비용 고효율 생산이 가능하기 때문에, 고부가 바이오의약품 분야에서 수주 기회를 확대할 수 있다. 미국, 유럽 등에서 생산 거점을 다변화하려는 글로벌 제약사 수요에도 대응할 수 있어, 해외수주 확대가 가능하다. 또한, 모기업 에이프로젠 및 오송바이오클러스터 등과의 시너지도 기회 요인이다.
• 위협 (Threats): 강력한 경쟁사들의 시장 점유 및 가격경쟁이 큰 위협이다. 삼성바이오로직스, 셀트리온뿐 아니라 론자 등 글로벌 CDMO 기업들이 공격적으로 생산능력을 확장하고 있으며, 중국·인도 등 저비용 생산국의 경쟁도 심화되고 있다. 앞서 언급한 파이프라인 시장 경쟁이 격화되어, 개발 완료 시점에도 시장진입이 어려울 수 있다. 규제 측면에서는 코로나19 이후 강화된 국가별 바이오의약품 승인 및 인증 심사, 무역·안보 이슈 등이 수출에 불확실성을 더한다. 또한, 원자재·공정 비용 상승이나 환율 변동, 글로벌 경기침체 등도 외형 확대의 리스크다. 실제로 2024년 유상증자 결정 직후 주가가 29% 급락하며 투자심리가 위축된 사례도 있다. 이처럼 자금 조달 실패, 시장상황 변화 등은 실적 변동성을 크게 확대하는 요인이다.

리스크 요인

• 파이프라인 개발 지연: 주요 파이프라인의 임상·허가 지연은 가장 큰 리스크다. 예를 들어 GS071의 일본 판매가 부진하고 AP056/AP063도 아직 상업화 단계가 아니어서, 기대했던 바이오시밀러 매출이 실현되지 못하고 있다. 이로 인해 수익성 개선이 지속 지연되고 있다.
• 시장 경쟁 심화: 이미 경쟁사들이 렘시마·휴미라 등 시장을 장악한 상황에서, 과도한 경쟁은 수익성 제약 요인이다. 신규 진입자도 많아지고 있어 가격 경쟁 압박이 커질 수 있다.
• 재무·자본 위험: 대규모 적자 및 잦은 자본 확충은 주가 급락과 기존 주주가치 희석을 초래했다. 추가 증자나 차입이 필요할 경우 금융비용 부담이 커지고, 자금조달 실패시 사업 추진이 어려워진다.
• 규제·정책 리스크: 미국·EU 등의 바이오의약품 정책 변화(예: 생산 기준 강화, 보안법안 등)와 수출 규제, 보건 정책 변화 등이 사업에 영향력을 줄 수 있다. 또한, 신약 승인 지연·취소 시 책임과 비용 부담이 크다.
• 기술·품질 이슈: 첨단 생산기술을 보유하지만, 불량률이나 인증 문제 등 품질 이슈가 발생하면 납기 지연 및 신뢰도 하락 위험이 있다.

투자 포인트

• 독자적 기술 경쟁력: 에이프로젠바이오로직스는 세계 최초의 2,000L급 항체 퍼퓨전 시스템 등 차별화된 생산기술을 보유하여, 대량 생산·원가 절감 경쟁력을 갖추고 있다【29†】. 고밀도 세포배양 및 자동화 설비를 통한 생산성은 새로운 수주 기회를 창출할 수 있는 강점이다.
• 시장 성장성: 글로벌 바이오시밀러 및 CDMO 시장은 당분간 급성장할 전망이다. 국산 바이오시밀러의 해외진출 확대, 미국·유럽의 현지 생산 요구 증가는 신규 수주 확대의 기회다. 국내 오송 바이오클러스터 등과 함께 정부의 바이오산업 지원도 강화되고 있어, 인프라를 가진 기업이 수혜를 볼 수 있다.
• 모기업과의 시너지: 모기업 에이프로젠과의 파이프라인 협력, 오송 공장 추가 활용 등의 시너지가 예상된다. 에이프로젠 자체는 신약개발 경험을 가지고 있어, 협업으로 개발속도를 높이거나 원자재 수주를 얻을 수 있다.
• 위험 대비 보수적 밸류: 현재 시가총액은 상대적으로 작아 저평가되어 있다는 시각도 있다. 기술력과 성장성에 비해 밸류에이션 매력이 있을 수 있으며, 향후 실적 개선 시 상승여력이 존재한다.

투자 매력도

에이프로젠바이오로직스는 독보적인 생산기술과 성장하는 CDMO 시장에 편승할 수 있는 기반을 갖췄다. 퍼퓨전 대형 생산설비와 고효율 공정은 경쟁사 대비 뚜렷한 강점으로, 특히 미국·유럽 고객이 증가하면 수익성 개선이 가능하다. 다만 2023~2024년 연속된 대규모 적자와 자금 조달 부담은 중대한 약점이다. 파이프라인 개발이 여전히 완료되지 않아 매출처가 불투명하며, 재무리스크로 인해 투자자에겐 높은 불확실성을 안겨 준다. 종합하면 투자 매력도는 중립적이다. 향후 주요 파이프라인이 상용화에 성공하고 대형 수주가 확보되면 긍정적인 전망이 가능하나, 현재로서는 재무 안정성과 개발속도 개선이 관건이다. 따라서 투자 판단 시 기술 경쟁력과 시장 성장성에 대한 잠재력은 인정하되, 재무 리스크와 개발 실패 가능성에 대한 보수적 시각이 필요하다.

출처: 에이프로젠바이오로직스 사업보고서 및 IR 자료, 국내외 언론 보도 및 시장 조사 자료 (2025년 5월 기준)